Como fazer meu galaxy s2 usar os 3500mha, ele continua a usar somente os 1650 mha, como se ainda estivesse com a bateria de 1650 mha, tenho acesso a root e já usei todo tipo de aplicativo de calibrar, sem sucesso.

Como você fez a calibração? O modo correto é deixar o aparelho descarregar até desligar... carregar inteiro desligado, liga-lo conectado ao carregador ainda, executar o app de calibração e observar se o número que aparece no app já parou de aumentar. .. feito isso, você calibra, despluga e reinicia o aparelho.

Não me lembro a potência do carregador, mas de repente ele não suporte essa carga toda... so uma hipótese. .